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点击轨道工具会出现一系列子目录，可以选择绘制各种轨道。点击符号工具即可沿Z轴向平面外伸，在对应原子附近定位阳离子阴离子符号，当出现反色的小方块时点击，表示带电的基团。

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ChemDrawPrime16化学结构绘制工具可以预测化合物属性、光谱数据、IUPAC命名以及计算反应计量，比如读取JCamp和星系光谱，拥有分裂工具来节省研究时间的同时提高数据准确性，并且还可以为结构增加热点进行链接，特别是能够看到立体结构的动态演示。能够读写所有的常见的ChemDraw格式文件以及图片文件，能够为CDX、CDXML、molfile、SMILES、InChI、InChIKey格式文件设置特别的Copy/Pasteas命令，其中InChIKey只有Copy功能，内置ChemDraw对象的OLE编辑功能，支持ChemDrawActiveX插件。

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